L'Aéroclub de l'Yonne est basé sur l'aérodrome d'Auxerre-Branches
(code OACI LFLA), à quelques kimomètres au nord-ouest de la ville d'Auxerre.
Il est donc situé au centre du département de l'Yonne, aux portes de la Puisaye et du Morvan, au nord de la Bourgogne.
Le gestionnaire de l'aérodrome d'Auxerre-Branches est la société Edeis.